ITQ-39沿a轴方向的HRTEM图，内视图为选区电子衍射谱图。如图所示，可以看出在c"轴方向结构单元层的10元环孔道，并且可以看到A、B、C三种多型体片段不同的堆积方式: ABAB..多型体A,ABCABC..多型体B,AAA--.多型体C。相间结构单元层以士1/36平移的周期性方式连接。这种共生和堆积无序并不显著地影响可通的孔容，较高的堆积缺陷密度导致了反常的X射线粉末衍射谱图，它同时含有尖峰和宽锋。